二十餘年前，名為【塞壬】的神秘敵人突然入侵世界，旨在對抗塞壬入侵而組建的跨國際海軍組織【碧藍航線】成立。經過一番奮戰，部分奪回了近海海域。然而，新時代來臨的背景之下，世界分崩離析，本就不堅固的同盟也因一些不可告人的原因而變得逐漸分裂……作為碧藍航線的指揮官，男人究竟該如何癒合已經互相敵視的各國，應該怎麼重振自己的祖國，又該如何拯救心愛的她……